Colossal Biosciences, Nesli Tükenmiş Türleri Geri Getirmek İçin GenoMorph AI Platformunu Tanıttı

Biyoteknoloji şirketi Colossal Biosciences, nesli tükenmiş hayvanları geri getirme projelerinde yaşanan en büyük engellerden birini aşmayı hedefleyen yeni bir yapay zeka platformu olan GenoMorph'u duyurdu. Platform, sınırlı genetik veriyle çalışılan türlerde hangi genlerin düzenlenmesi gerektiğini belirlemek için gelişmiş 3 boyutlu morfoloji analizini, karşılaştırmalı genomik yöntemlerini ve gelişimsel biyolojiyi bir araya getiriyor.

Dodo Kuşunun Tek Genomuyla Çalışmanın Zorluğu​

GenoMorph'un ilk büyük uygulama alanı, dodo kuşunun yeniden canlandırılması projesi. Şirketin yünlü mamut çalışmasında 100 genome ulaşabilmesine karşın, dodo için elimde yalnızca tek bir tam genom bulunuyor. Bunun temel nedeni iklimsel farklılıklar: Mamutların yaşadığı soğuk ortamlar DNA'yı çok daha iyi korurken, dodoların yaşadığı tropikal iklim genetik materyalin bozulmasına yol açıyor.
Colossal'ın CEO'su ve kurucu ortağı Ben Lamm konuyu şöyle açıkladı: "Normalde bilim insanları hangi genetik farklılıkların belirli özelliklere yol açtığını anlamak için pek çok genomu karşılaştırır. Nesli tükenmiş türlerin ciddi ölçüde sınırlı olan antik DNA'sıyla çalışırken bu lükse sahip değiliz; yalnızca az sayıda tam genome ulaşabiliyoruz."

GenoMorph Nasıl Çalışıyor?​

Platformu geliştirmek için Colossal ekibi tavuk, bıldırcın, ördek ve güvercin gibi kuşlardan gelişimsel veri topladı. Bu veriler, 70'ten fazla kuş türüne ait genetik bilgiler ve 3 boyutlu kafatası ölçümleriyle birleştirildi. Lamm'a göre bu süreç bir yılı aşkın bir çalışma gerektirdi.
Yapay zeka, farklı kuşların gaga ve yüz yapılarını geliştirirken DNA'nın hangi bölgelerinin aktif olduğunu öğreniyor; ardından bu bilgiyi kullanarak dodoyu özgün görünümüne kavuşturan genetik anahtarların neler olabileceğini tahmin ediyor. Lamm bu platformu "dodo genomu için bir hazine haritası" olarak nitelendirdi. Şimdiye kadar dodo kafatası ve yüz morfolojisine ilişkin yaklaşık 2.300 umut verici DNA düzenleme hedefi belirlendi.

Lipit Nanopartiküller ve Nicobar Güvercini​

Colossal aynı zamanda gen düzenleme araçlarını gelişen kuş embriyolarına doğrudan iletmek için lipit nanopartikülleri kullanan yeni bir sistem geliştirdi. Bu yöntem, ekibin belirli genetik değişikliklerin bir kuşun gelişimini nasıl etkilediğini gözlemlemesine olanak tanıyor; üstelik kuşların cinsel olgunluğa ulaşmasını bekleyen uzun yetiştirme döngülerini atlamayı mümkün kılıyor.
Şirket ayrıca dodoların en yakın yaşayan akrabası olan Nicobar güvercini kolonisinin 36 bireye ulaştığını ve dodo özelliklerini taşıyan kuşlar üretme stratejisinin kritik bir parçası olan yumurta ve sperme dönüşen temel hücrelerin başarıyla oluşturulduğunu açıkladı.

Güvenlik ve Etik Boyut​

Gen düzenlemesinin güvenliği konusunda yöneltilen sorulara Lamm, GenoMorph'un amacının genetik mühendisliği "daha hassas, kontrollü ve test edilebilir" hale getirmek olduğunu vurguladı. Platformun genleri bizzat düzenlemediğini, yalnızca araştırmaya değer genetik değişiklikleri belirlemeye yardımcı olduğunu belirten Lamm, "Olası bir düzenlemeyi tespit etmek, onu hemen bir hayvana uyguladığımız ya da güvenli olduğunu varsaydığımız anlamına gelmiyor" dedi.

Peter Diamandis'ten Yeni Fon: NeoGenesis Capital​

Colossal'ın en son teknolojisi, şirkete yatırımcı olan XPRIZE kurucusu Peter Diamandis'ten de somut bir güven oylaması aldı. Diamandis, Colossal Biosciences'ın programlanabilir biyoloji platformunu sağlık, tarım ve koruma alanlarında kullanan şirketleri desteklemek amacıyla NeoGenesis Capital adlı yeni bir girişim sermayesi fonu kurduğunu duyurdu.

Sıkça Sorulan Sorular​

GenoMorph platformu ne işe yarıyor?​

GenoMorph, nesli tükenmiş türlerin yeniden canlandırılması projelerinde sınırlı genetik veriyle çalışılırken hangi genlerin düzenlenmesi gerektiğini belirlemek için 3 boyutlu morfoloji analizi, karşılaştırmalı genomik ve gelişimsel biyolojiyi bir arada kullanan yapay zeka tabanlı bir platform.

Colossal Biosciences dodo kuşu için neden yalnızca tek bir genome sahip?​

Dodoların yaşadığı tropikal iklim, genetik materyalin bozulmasına yol açtığından dodo için yalnızca tek bir tam genome ulaşılabildi. Buna karşın şirketin yünlü mamut projesinde 100 genome sahip olması, mamutların yaşadığı soğuk iklimlerin DNA'yı çok daha iyi korumasından kaynaklanıyor.

GenoMorph'u geliştirmek ne kadar sürdü ve hangi veriler kullanıldı?​

Platform, bir yılı aşkın bir çalışmanın ürünü. Geliştirme sürecinde tavuk, bıldırcın, ördek ve güvercinden toplanan gelişimsel veriler ile 70'ten fazla kuş türüne ait genetik bilgiler ve 3 boyutlu kafatası ölçümleri kullanıldı.

Nicobar güvercini dodo projesiyle nasıl ilişkili?​

Nicobar güvercini, dodoların en yakın yaşayan akrabası olarak kabul ediliyor. Colossal, bu türden yumurta ve sperme dönüşen temel hücreleri başarıyla oluşturduğunu açıkladı; bu hücreler, dodo özelliklerini taşıyan kuşlar üretme stratejisinin kritik bir bileşenini oluşturuyor.

Peter Diamandis'in kurduğu NeoGenesis Capital fonu neyi hedefliyor?​

XPRIZE kurucusu ve Colossal yatırımcısı Peter Diamandis tarafından kurulan NeoGenesis Capital, Colossal Biosciences'ın programlanabilir biyoloji platformunu sağlık, tarım ve koruma alanlarında kullanan girişimlere yatırım yapmayı amaçlıyor.